Ο Ζέλικο Ομπράντοβιτς συμφώνησε με τον Παναθηναϊκό ενώ μέσω του Ευρωμπάσκετ 1999. Στη Γαλλία. Στην τελική φάση της διοργάνωσης, στο Παρίσι, ανακοινώθηκε από τη διοίκηση της ΚΑΕ η απόκτησή του. Όλοι μιλούσαν ήδη για έναν από τους κορυφαίους προπονητές της Ευρώπης, αλλά κανείς δεν περίμενε ότι ουσιαστικά θα κατέγραφε το μεγαλύτερο μέρος της μπασκετικής του καριέρας στο πράσινα. Έγινε όμως… Ότι ξεκίνησε το 1999 συνεχίζεται… Και γράφεται ακόμη με χρυσά γράμματα.
Ο Ομπράντοβιτς ανακοινώθηκε το 1999 και με το «καλημέρα» στον Παναθηναϊκό έβαλε το δικό του στίγμα, οδηγώντας στην κατάκτηση δύο τροπαίων. Το πρωτάθλημα Ελλάδας και το Ευρωπαϊκό με την ομάδα να πανηγυρίζει στο κλειστό της Πυλαίας στη Θεσσαλονίκη. Ήταν τα δύο πρώτα τρόπαια… Η αρχή για να φτάσει φέτος στον 20ο του τίτλο με τα πράσινα μόνο, έχοντας πάντα δίπλα του τον Δημήτρη Ιτούδη στο τεχνικό επιτελείο. Από την πρώτη μέρα ως σήμερα. Ο Παναθηναϊκός κατέκτησε το πρωτάθλημα και το 2001, το 2002 κατέκτησε την Ευρωλίγκα στο φάιναλ φορ της Μπολόνια, απέναντι στην ουσιαστικά γηπεδούχο ομάδα, την Βίρτους. Ήταν η μοναδική χρονιά επί ημερών Ομπράντοβιτς που χάθηκε το πρωτάθλημα Ελλάδας. Την περίοδο 2002 -03 ο Ζοτς φρόντισε να προσθέσει μία… πρωτιά επί ελληνικού εδάφους: Κατέκτησε για πρώτη φορά το Κύπελλο Ελλάδας, στο φάιναλ φορ που φιλοξενήθηκε στη Λάρισα. Λίγες μέρες αργότερα θα έκανε το νταμπλ κατακτώντας και το πρωτάθλημα Ελλάδας. Το 2004 ο Παναθηναϊκός πανηγύρισε ένα ακόμη πρωτάθλημα. Από το 2004-05 ως και την περίοδο 2008-09 η ελληνική κυριαρχία του Παναθηναϊκού ήταν αδιαμφισβήτητη, με τον Ομπράντοβιτς στο τιμόνι της ομάδας. Και τα…. Κερασάκια ήρθαν με δύο ακόμη ευρωπαϊκά πρωταθλήματα: Το 2007 και το 2009. Με δύο τριπλ κράουν, αφού το «τριφύλλι» σάρωσε τα πάντα τις δύο αυτές χρονιές. Ο 20ος τίτλος του Ζέλικο Ομπράντοβιτς ήρθε με έναν τρόπο που ο ίδιος δεν είχε ξαναβιώσει. Ο Παναθηναϊκός τα είχε καταφέρει και το 1999. Ο Ομπράντοβιτς το βίωσε φέτος: Πρωτάθλημα στο ΣΕΦ. Πέρυσι ήταν το μπρέικ της έδρας στον πρώτο τελικό. Φέτος ήταν η κατάκτηση του τίτλου στο στάδιο «Ειρήνης και Φιλίας». Και το κοντέρ θα συνεχίσει να γράφει, καθώς ο καλύτερος Ευρωπαίος προπονητής θα βρίσκεται στον Παναθηναϊκό για –τουλάχιστον- ακόμη δύο χρόνια!!! Και το σύνθημα, το όνομά του θα ακούγεται ρυθμικά από κάθε φίλο της ομάδας για πολλά πολλά χρόνια ακόμη…
